甘肅衛生職業學院中醫藥學院成立于2018年11月，設有中醫系、藥學系兩個系。

學院課程設置符合現代中醫藥職業教育發展的要求，具備實現培養目標所需的教學條件，專業設置能滿足社會人才需求，與學校的發展目標和定位相符合。現開設有中醫學、針灸推拿、中藥學、藥學4個專科專業。

學院設置有黨政綜合辦公室、教學科研辦公室、團學工作辦公室、實習就業工作辦公室、實驗實訓管理辦公室等5個黨政科室。中醫基礎、中醫臨床、針灸推拿、中藥綜合、藥學綜合、藥理學等6個學科組（教研室）。

學院現有專兼職黨政管理人員10人，專職學生輔導員8人；專兼職教師64人，實驗實訓指導教師7人，其中教授4人、副教授27人；碩士研究生學歷22人；學院在籍專科學生數達3534人。

中醫藥學院深刻認識學校發展大勢、科學謀劃發展藍圖，將秉承優良傳統，團結帶領全院師生員工，銳意進取、奮發圖強，向建設特色鮮明的高水平品牌專業、品牌學院目標不斷邁進，為保障人民群眾健康，培養技能型高素質中醫藥人才。