甘肅衛生職業學院中醫藥學院成立于2018年11月，設有中醫系、藥學系兩個系部。其中中醫系秉承原甘肅省中醫學校建設傳統，在2017年搬遷至新校區后，重點進行了中醫學、針灸推拿專業的中高職轉型，并積極籌措資金進行實訓基地建設，經過近2年的建設，中醫學專業、針灸推拿專業已初具規模。

中醫系現有專兼職教師29人，其中教授1人、副教授15人，碩士研究生學歷10人，“雙師型”教師24人，占教師總人數的82%。根據專業建設需要，設有中醫基礎、中醫臨床、針灸推拿3個學科組，負責系部教學、科研和課程建設工作。

中醫系現有教學班級31個，其中中醫學專業15個班，針灸推拿專業16個班，在校學生總人數1181名。

2018年初，學院積極籌措資金進行中醫針推實訓基地建設，2018年8月，完成了總面積4020平米、設備金額近1000萬的“三中心一平臺”中醫針推實訓基地，能滿足中醫學和針灸推拿專業實訓教學的需要。