甘肅衛生職業學院臨床醫學系成立于2015年，是學院重點建設的系部之一。2018年學院成立6個二級學院后，臨床醫學系歸屬于臨床護理學院管理。臨床醫學系內部管理科學，始終堅持遵循醫學教育規律，重視人才培養質量，特別注重學生職業道德和臨床實踐能力的培養，歷屆畢業生均受到用人單位的普遍好評。現有校內專、兼職專業課教師54人，其中教授2人，副教授12人，講師10人，助理講師22人，實驗員7人；博士1人，碩士15人，“雙師型”教師占68%，已形成以學科帶頭人為核心、結構基本合理、實力雄厚的教科研團隊。

臨床醫學系開設了臨床醫學、助產、康復治療技術、生殖健康管理4個專業，設有臨床一、臨床二、助產3個教研室。助產專業為省級骨干建設專業，臨床醫學教學團隊為省級職業教育教師教學創新團隊；也是全國學校急救教育試點項目的實施單位。主要承擔了臨床醫學、護理、助產、康復治療技術專業的全部專業核心課程、全校其他各專業《臨床醫學概論》《常用急救知識與技術》等課程的校內教學，及承擔學校全國助理執業醫師資格、護士執業資格考試的考前輔導。

臨床醫學系實訓中心的建設整體布局和設置完全模擬醫院場景，建筑面積近2萬平方米，下設院前急救、院內急救、ICU、內科、外科、婦科、產科、兒科、麻醉手術室、康復各科及護理等臨床基本技能和高級仿真模擬訓練平臺，并設有全套監控設備的標準化考試（OSCE）考站18間。實訓中心配置儀器設備先進，設備價值總計約6000余萬元，教師可根據教學需要靈活地采用全體教學、分組教學和個別輔導等多種教學方式，已初步形成了“2133”為模式的實踐教學體系，為訓練我校學生專業技能、培養其臨床思維和綜合素質提供了良好的實訓教學環境，不僅滿足我校數千名學生學習需要，同時發揮社會服務功能，承接鄉村醫生培訓、“1+x”職業技能等級培訓等。并有甘肅省第三人民醫院、蘭州新區第一人民醫院、甘肅省康復中心、甘肅省殘疾人輔助器具資源中心4家固定的教學基地，保障學生的臨床實踐學習、臨床專業課教師的實踐能力提升。

臨床醫學系教師專業素質強，近年來，臨床醫學系教師獲得省級職業教育教學成果獎一、二等獎各1項；省級職業教育教學能力競賽一、二、三等獎20余人次；在國家級刊物上發表論文30余篇，承擔市（廳）級以上課題10項，獲得發明實用新型專利6項；主編參編高職衛生教材及“十四五”國家規劃教材多部；多名教師先后獲得甘肅省“杰出”青年崗位技術能手、甘肅省技術標兵、“園丁獎”優秀教師等榮譽稱號。2023年參加全國職業院校技能大賽首屆臨床技能賽項獲得教師組一等獎（第一名）、學生組三等獎，首屆康復技能賽項三等獎。